Berdasarkan Permenkes nomor 33 tahun 2021 sebagai pengganti dari permenkes nomor 2348 tahun 2011 Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Semarang mempunyai 9 (sembilan) Wilayah Kerja dengan rincian 7 (tujuh) Wilayah Kerja Pelabuhan dan 2 (dua) Wilayah Kerja Bandara, sebagai berikut ;

Jarak setiap Wilayah Kerja dengan kantor Induk di semarang bervariasi, yang terjauh adalah Wilayah Kerja Pelabuhan Karimun Jawa dan yang terdekat adalah Wilayah Kerja Bandara Ahmad Yani Semarang, setiap Wilayah Kerja mempunyai seorang Koordinator yang merupakan representasi dari kepala kantor yang bertanggungjawab terhadap semua program dan kegiatan yang dibebankan sekaligus berkoordinasi dengan lintas sektor dan lintas Kementerian di Wilayah Kerja tersebut.

Setiap Wilayah Kerja juga mempunyai wilayah geografis kerja yang sering disebut Perimeter dan zona pendukung di luar wilayah geografis kerja yang menjadi tanggungjawab Wilayah Kerja atau sering disebut dengan Buffer, luasan Perimeter dan Buffer setiap Wilayah Kerja berbeda-beda tergantung besar kecilnya Bandara maupun Pelabuhannya, berikut ini tabel rincian jarak, perimeter dan buffer Wilayah Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Semarang.