Dalam rangka mencapai terwujudnya Visi Presiden yakni: “Terwujudnya Indonesia Maju yang Berdaulat, Mandiri, dan Berkepribadian, Berlandaskan Gotong Royong”, maka telah ditetapkan 9 (sembilan) Misi Presiden 2020-2024, yakni: Peningkatan kualitas Manusia Indonesia, Penguatan Struktur Ekonomi yang Produktif, Mandiri dan Berdaya Saing, Pembangunan yang Merata dan Berkeadilan, Mencapai Lingkungan Hidup yang Berkelanjutan, Kemajuan Budaya yang Mencerminkan Kepribadian Bangsa, Penegakan Sistem Hukum yang Bebas Korupsi, Bermartabat, dan Terpercaya, Perlindungan bagi Segenap Bangsa dan Memberikan Rasa Aman pada Seluruh Warga, Pengelolaan Pemerintahan yang Bersih, Efektif, dan Terpercaya dan Sinergi Pemerintah Daerah dalam Kerangka Negara Kesatuan.
Guna mendukung peningkatan kualitas manusia Indonesia, termasuk penguatan struktur ekonomi yang produktif, mandiri dan berdaya saing, Kementerian Kesehatan telah menjabarkan Misi Presiden Tahun 2020-2024, melalui Menurunkan angka kematian ibu dan bayi, Menurunkan angka stunting pada balita, Memperbaiki pengelolaan Jaminan Kesehatan Nasional dan Meningkatkan kemandirian dan penggunaan produk farmasi dan alat kesehatan dalam negeri.
Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Semarang sebagai unit pelaksana teknis dibawah Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit mendukung pelaksanaan penjabaran visi misi presiden yang telah ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan.
Visi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Semarang adalah Tangguh dan Prima.
Dalam upaya mendukung program Nawa Cita Presiden Indonesia dan sesuai dengan visi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Semarang, maka telah disusun misi Balai Kekarantinaan Kesehatan Semarang sebagai berikut :
- Memlihara dan menghasilkan pelayanan kesehatan pelabuhan yang bermutu, merata dan memadai
- Memelihara dan meningkatkan kesehatan individu, masyarakat pelabuhan beserta lingkungannya
- Menggerakan pembangunan pelabuhan berwawasan kesehatan
- Mendorong kemandirian masyarakat pelabuhan untuk hidup sehat
