Setiap kapal yang melakukan pelayaran wajib mempunyai buku kesehatan kesehatan kapal (Health Book) sebagai alat koordinasi antar Balai Kekarantinaan Kesehatan dengan nakhoda. Apabila dalam pemeriksaan dokumen kesehatan kapal ditemukan kapal yang tidak atau belum mempunyai buku kesehatan kapal maupun lembaran buku kesehatan tersebut telah habis, maka diharuskan membuat buku kesehatan baru yang diterbitkan oleh Balai Kekarantinaan Kesehatan setempat

Langkah – langkah penerbitan buku kesehatan kapal :

1. Agent pelayaran membuat surat permohonan kepada Kepala Balai Kekarantinaan Kesehatan untuk penerbitan buku kesehatan kapal baru atau berganti nama serta yang telah habis atau buku hilang
2. Kepala Balai Kekarantinaan Kesehatan mendisposisikan kepada Kepala Seksi Pengendalian Karantina dan Surveilans Epidemiologi untuk melakukan pemriksaan fisik dan dokumen kesehatan pada setiap kapal yang melakukan pelayaran di wilayah Indonesia.
3. Bagi kapal baru atau kapal berganti nama, Buku Kesehatan Kapal harus didahului dengan pemeriksaan fisik kapal serta pemeriksaan sanitasi kapal dalam rangka penerbitan SSCEC/SSCC.
4. Bagi kapal yang buku kesehatannya habis, Buku Kesehatan Kapal langsung diterbitkan bila dokumen lainnya lengkap dan berlaku.
5. Bagi kapal yang buku kesehatannya hilang, surat permohonan perlu disertai dengan berita acara kehilangan dari kepolisian setempat.
6. Agent pelayaran menyelesaikan pembayaran
7. Petugas menyerahkan Buku Kesehatan yang telah diisi kepada agent pelayaran